Do zadań Wydziału Kontroli Gospodarki Finansowej należy w szczególności:
  1. Przeprowadzanie kontroli niżej wskazanych podmiotów:
    • jednostek samorządu terytorialnego,
    • związków międzygminnych,
    • stowarzyszeń gmin oraz stowarzyszeń gmin i powiatów,
    • związków powiatów,
    • stowarzyszeń powiatów,
    • samorządowych jednostek organizacyjnych, w tym samorządowych osób prawnych,
    • innych podmiotów, w zakresie wykorzystywania przez nie dotacji przyznawanych z budżetów jednostek samorządu terytorialnego;
  2. opracowywanie projektu planu kontroli,
  3. opracowywanie sprawozdania z działalności kontrolnej Wydziału.
Wydział Kontroli Gospodarki Finansowej zabezpiecza i udostępnia Kolegium Izby dokumenty związane z przeprowadzonymi kontrolami, a także współpracuje przy przygotowaniu raportu, o którym mowa w art. 10a ust. 1 ustawy z dnia 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych.

Wydział Kontroli Gospodarki Finansowej przeprowadza następujące rodzaje kontroli:
  1. kompleksowe, obejmujące gospodarkę finansową jednostki samorządu terytorialnego,
  2. problemowe, obejmujące wybrane zagadnienia w jednej lub kilku jednostkach kontrolowanych,
  3. doraźne, podejmowane w razie potrzeby.
Kontrola gospodarki finansowej, w tym realizacji zobowiązań podatkowych oraz zamówień publicznych, przeprowadzana jest na podstawie kryterium zgodności z prawem i zgodności dokumentacji ze stanem faktycznym.

Kontrola gospodarki finansowej w zakresie zadań administracji rządowej, wykonywanych przez jednostki samorządu terytorialnego na podstawie ustaw lub zawieranych porozumień, dokonywana jest także na podstawie kryterium celowości, rzetelności i gospodarności.

Izba przeprowadza kompleksową kontrolę gospodarki finansowej jednostek samorządu terytorialnego, co najmniej raz na cztery lata. W przypadkach określonych w ustawie o regionalnych izbach obrachunkowych Izba może przeprowadzić kontrole również na wniosek jednostek samorządu terytorialnego i ich związków, a także organów administracji rządowych oraz agencji lub funduszy celowych w przypadku przekazania środków publicznych na rzecz jednostek samorządu terytorialnego.

Na podstawie wyników kontroli kierowane jest do kontrolowanej jednostki wystąpienie pokontrolne, wskazujące źródło i przyczyny nieprawidłowości, ich rozmiary, osoby odpowiedzialne oraz wnioski zmierzające do ich usunięcia i usprawnienia badanej działalności. Wystąpienie pokontrolne przekazuje się kontrolowanej jednostce nie później niż w terminie 60 dni od dnia podpisania protokołu kontroli. Kontrolowana jednostka zaś zobowiązana jest w terminie 30 dni od dnia doręczenia wystąpienia zawiadomić Izbę o wykonaniu wniosków lub o przyczynach ich niewykonania.

Do wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym przysługuje prawo zgłoszenia zastrzeżenia do Kolegium Izby w terminie 14 dni od dnia otrzymania wystąpienia pokontrolnego za pośrednictwem Prezesa Izby. Podstawą zgłoszenia zastrzeżenia może być tylko zarzut naruszenia prawa poprzez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie.